На другой день царь, как обычно, участвовал в торжественном церковном шествии — крестном ходе из Кремля в Сретенский монастырь. На Красной площади около Кремля толпилось много народу. Когда царь возвращался обратно, вновь была сделана попытка подать ему челобитную, опять бояре и приказные распорядились отогнать челобитчиков. По словам современника, «поднялся шум и мятеж», народ силой пробился к царю. «Некоторые из толпы схватили за узду царского коня, молили, жаловались и громко вопили на Плещеева и его несправедливости», просили назначить на его место честного, совестливого человека. Возбужденную толпу невозможно было удержать, и в вслед за царем она ворвалась в Кремль. Были вызваны стрельцы. Но и они были настроены против правительства, недовольные тем, что Морозов уменьшил или вовсе перестал выдавать им жалованье.
Стрельцы заявили, «что сражаться за бояр против простого народа они не хотят, но готовы вместе с ними избавить себя от их (бояр) насилий и неправды».
Ворвавшаяся в Кремль толпа требовала выдачи Плещеева, Траханиотова, Морозова. Царь выслал для переговоров двух бояр, их избили и сорвали с них платье. Растерявшийся царь вышел на крыльцо, уговаривая толпу успокоиться.
Но люди бросились к дому Б. И. Морозова в Кремле и разгромили его, а затем и дом Назария Чистого. Самого дьяка нашли на чердаке и убили «за соль», бросив труп на навозную кучу. 3 июня разгромили дворы Траханиотова, Плещеева и других богатых гостей и дьяков. В тот же день Москва загорелась. Пожаром была охвачена большая часть города.
К посадским «черным людям» присоединились не только стрельцы, но и многие служилые люди, а также холопы и крестьяне, находившиеся в боярских дворах.
Горящая Москва оказалась в руках народа, а на стороне правительства оставался лишь один стрелецкий полк и немного иностранных наемных солдат. Наступил момент, когда перевес сил оказался на стороне восставшего народа. Сидевшие в Кремле царь и бояре вынуждены были пойти на уступки: сначала освободили арестованных челобитчиков, затем выдали Плещеева и Траханиотова. 3 июня Плещеев был выведен из Кремля на Красную площадь, где его «убили всем народом каменьем и палками до смерти». Траханиотова, пытавшегося бежать, по приказу царя схватили у Московской заставы и 5 июня казнили на Красной площади. Удалось спасти только Морозова. Некоторые современники утверждали, что царь сам выходил на Красную площадь, со слезами просил сохранить Морозову жизнь и клятвенно обещал выслать его из Москвы и впредь не допускать к управлению государством. 12 июня Морозова под сильной охраной отправили в отдаленный монастырь.
Начиная с 5 июня силы восставшего народа стали слабеть. В этот день по распоряжению царя стрельцам было выдано все удержанное у них жалованье. Еще раньше их угощали в Кремле вином и медом. Стрельцы перешли на сторону правительства. В то же время восставшие москвичи, расправившись с особенно ненавистными им людьми, погромив боярские дворы и добившись от царя обещания устранить Морозова, не знали, что же делать дальше. У них не было ни организации, ни ясной цели. В последующие дни москвичи выступали уже не так единодушно .
Но в Москве еще долго было неспокойно, в июле и в октябре волновались холопы и требовали своего освобождения. Некоторые из них были казнены.
Как же отнеслось к этим бурным событиям дворянское ополчение, стоявшее в Москве? Почему не встало оно решительно на сторону своего правительства в критический для него момент?
Дворяне хотели использовать народное восстание в своих целях. Они уже много лет добивались полного закрепощения крестьян, наведения порядка в судах и приказах, защиты от бояр, которые нередко отнимали у них землю и вывозили крестьян. Все эти требования были вновь предъявлены царю в дни народного восстания.
Напуганное правительство стремилось к сплочению сил господствующего класса, и 1 сентября 1648 г. был созван Земский собор, чтобы выработать новое Уложение — свод законов.
Вскоре правительство почувствовало себя увереннее, а 22 октября Морозов вернулся в Москву и вновь взял управление в свои руки.
Новое Уложение, принятое Собором в начале 1649 г., почти 200 лет оставалось основным сводом государственных законов России. По требованию дворянства были полностью закрепощены крестьяне и изменены суд и управление. Разделение слобод в посадах на «белые» и «черные» было уничтожено, и все население посада обложено податями и повинностями в пользу государства. Феодальное государство стало более сильным и организованным.
Московское восстание получило широкий отклик и вызвало горячее сочувствие в стране. Повсюду распространились слухи о том, что в Москве громят бояр и приказных. В далекой Сибири об июньских событиях в Москве говорили: «Многих бояр, и окольничьих, и думного дьяка, и дворян, и гостей побили»,— а далеко на юге, в Осколе, распространялись слухи: «Указал-де государь по городам приказных людей побивать каменьем». Москва еще горела, когда заволновались другие города. В 1648 г. восстания охватили ряд городов в Сибири, а также на севере, юге и в центре Московского государства.
Классовая борьба в городах не утихла и после принятия Уложения. В 1650 г. восстали Новгород и Псков. В этих городах, особенно в Пскове, с «молодшими» людьми посада объединились крестьяне, громившие своих бояр. В течение нескольких месяцев, с марта до августа, Псков был в руках восставших. Московское правительство было вынуждено вступить в переговоры и пойти на ряд уступок восставшему городу. В 1662 г. вновь вспыхнуло большое восстание в Москве, так называемый «медный бунт». Города сыграли немалую роль в большой крестьянской войне под предводительством Степана Разина 1670—1671 гг..
Во всех этих восстаниях масса городского населения боролась против феодального гнета и бесправия.